水生大型植物能抑制浮游植物的生長，從而降低藻類的現存量。在水生態(tài)環(huán)境中，水生高等植物對藻類的抑制作用較為明顯。主要表現在兩個方面：一是藻類數量急劇下降；二是藻類群落結構改變。水生植物與藻類在營養(yǎng)、光照、生存空間等方面存在競爭。除人工控制和低溫等條件下，一般是水生植物生長占優(yōu)勢。
水生植物與藻類之間的相生相克（異株克生現象）作用在污水凈化和水體生態(tài)優(yōu)化方面有重要應用潛力。顧林娣等[31]發(fā)現苦草能分泌生化抑制物質，且抑制作用的大小和種植水濃度呈正相關。在淺水湖泊中種植苦草等高等植物，放養(yǎng)適量的魚類，這樣就既可以保護水質，又可以發(fā)展?jié)O業(yè)生產，增加經濟效益。不僅如此，野外實驗和實驗室研究還表明，鳳眼蓮等水生植物還通過根系向水中分泌一系列有機化學物質。這些物質在水中含量極微的情況下即可影響藻類的形態(tài)、生理生化過程和生長繁殖，使藻類數量明顯減少。有害植物常覆蓋濕地和其他淡水環(huán)境，造成物種單一。這種香蒲侵入的一個重要機制就是向周圍環(huán)境中釋放相生相克物質——植物毒素。利用植物分泌物和植物周圍的微生物與藻類間的相生相克關系，來去除藻類。這對于富營養(yǎng)化水體污染的防治和治理，水生態(tài)系的恢復和重建很有意義。
1.5 水生植物的其他凈水（改善水質）功能
水生植物在不同的營養(yǎng)級水平上存在維持水體清潔和自身優(yōu)勢穩(wěn)定狀態(tài)的機制：水生植物有過量吸收營養(yǎng)物質的特性，可降低水體營養(yǎng)水平；減少因為攝食底棲生物的魚類所引起沉積物重懸浮，降低濁度。水生植物的改善水質的功能，如穩(wěn)定底泥、抑藻抑菌等，也具有重要的實踐意義。氧氣是一種非常重要的物質。水體富營養(yǎng)化引起的藻類水華造成水體透明度降低，飲用水質量下降。組織缺氧使大型植物退化，減少了水生植物多樣性。海洋底層大陸架的缺氧，使海底生物大量死亡，給當地經濟和人類生存帶來了嚴重的威脅。沉水植物與沉積物、水體流動間有緊密聯系。在生態(tài)系統(tǒng)中，它能起到提高水質，穩(wěn)定底泥，減小渾濁的作用
